Πώς να ανοίξετε, να επεξεργαστείτε και να μετατρέψετε αρχεία PDB
Ένα αρχείο με την προέκταση του αρχείου PDB είναι πιθανότατα ένα αρχείο που δημιουργήθηκε στη μορφή βάσης δεδομένων προγράμματος που χρησιμοποιείται για τη διατήρηση πληροφοριών σφαλμάτων σχετικά με ένα πρόγραμμα ή μια ενότητα, όπως ένα αρχείο DLL ή EXE . Συχνά ονομάζονται αρχεία συμβόλων.
Τα αρχεία PDB χαρτογραφούν διάφορα συστατικά στοιχεία και δηλώσεις σε πηγαίο κώδικα στο τελικό προϊόν της, το οποίο το εργαλείο εντοπισμού σφαλμάτων μπορεί στη συνέχεια να χρησιμοποιήσει για να βρει το αρχείο προέλευσης και την τοποθεσία στο εκτελέσιμο αρχείο στο οποίο πρέπει να σταματήσει τη διαδικασία εντοπισμού σφαλμάτων.
Ορισμένα αρχεία PDB ενδέχεται να βρίσκονται στη μορφή αρχείου δεδομένων Πρωτεΐνης. Αυτά τα αρχεία PDB είναι αρχεία απλού κειμένου που αποθηκεύουν συντεταγμένες όσον αφορά τις πρωτεϊνικές δομές.
Άλλα αρχεία PDB δημιουργούνται πιθανότατα στη μορφή βάσης δεδομένων Palm ή PalmDOC και χρησιμοποιούνται με το φορητό λειτουργικό σύστημα PalmOS. Ορισμένα αρχεία σε αυτή τη μορφή χρησιμοποιούν αντ 'αυτού την επέκταση αρχείου .PRC.
Πώς να ανοίξετε ένα αρχείο PDB
Διαφορετικά προγράμματα χρησιμοποιούν το δικό τους αρχείο PDB για την αποθήκευση δεδομένων σε κάποιο είδος δομημένης μορφής βάσης δεδομένων, έτσι ώστε κάθε εφαρμογή να χρησιμοποιείται για να ανοίξει το δικό της αρχείο PDB. Το Geneious, το Intuit Quicken, το Microsoft Visual Studio και ο Πήγασος είναι μόνο μερικά παραδείγματα προγραμμάτων που μπορούν να χρησιμοποιήσουν ένα αρχείο PDB ως αρχείο βάσης δεδομένων. Το Radare και το PDBparse ενδέχεται να λειτουργούν και για το άνοιγμα αρχείων PDB.
Ορισμένα αρχεία PDB αποθηκεύονται ως απλό κείμενο, όπως τα αρχεία βάσης δεδομένων του προγράμματος Geneious και είναι εντελώς αναγνωρίσιμα από τον άνθρωπο αν ανοίγονται σε ένα πρόγραμμα επεξεργασίας κειμένου. Μπορείτε να ανοίξετε αυτό το είδος αρχείου PDB με οποιοδήποτε πρόγραμμα που μπορεί να διαβάσει έγγραφα κειμένου, όπως το ενσωματωμένο πρόγραμμα Notepad στα Windows. Ορισμένοι άλλοι θεατές και συντάκτες αρχείων PDB περιλαμβάνουν το Notepad ++ και τις Βάσεις.
Άλλα αρχεία βάσης δεδομένων PDB δεν είναι έγγραφα κειμένου και είναι χρήσιμα μόνο όταν ανοίγουν με το πρόγραμμα για το οποίο προορίζονται. Για παράδειγμα, εάν το αρχείο PDB σας σχετίζεται κατά κάποιον τρόπο με το Quicken, δοκιμάστε να χρησιμοποιήσετε αυτό το λογισμικό για να προβάλετε ή να επεξεργαστείτε το αρχείο PDB. Το Visual Studio αναμένει να δει ένα αρχείο PDB στον ίδιο φάκελο με το αρχείο DLL ή EXE.
Μπορείτε να προβάλετε και να επεξεργαστείτε αρχεία PDB που είναι αρχεία Protein Data Bank σε Windows, Linux και macOS με το Avogadro. Τα Jmol, RasMol, QuickPDB και USCF Chimera μπορούν επίσης να ανοίξουν ένα αρχείο PDB. Δεδομένου ότι αυτά τα αρχεία είναι απλό κείμενο, μπορείτε να ανοίξετε το αρχείο PDB και σε έναν επεξεργαστή κειμένου.
Το Palm Desktop θα πρέπει να είναι σε θέση να ανοίγει αρχεία PDB που είναι στη μορφή αρχείου βάσης δεδομένων Palm, αλλά ίσως χρειαστεί να το μετονομάσετε πρώτα ώστε να έχει την επέκταση αρχείου .PRC για αυτό το πρόγραμμα για να το αναγνωρίσει. Για να ανοίξετε ένα αρχείο PalmDOC PDB, δοκιμάστε το STDU Viewer.
Πώς να μετατρέψετε ένα αρχείο PDB
Τα αρχεία βάσεων δεδομένων του προγράμματος δεν είναι πιθανό να μετατραπούν σε διαφορετική μορφή αρχείου, τουλάχιστον όχι με ένα κανονικό εργαλείο μετατροπής αρχείων . Αντίθετα, αν υπάρχει κάποιο εργαλείο που μπορεί να μετατρέψει αυτό το είδος αρχείου PDB, θα ήταν το ίδιο πρόγραμμα που μπορεί να το ανοίξει.
Για παράδειγμα, αν χρειαστεί να μετατρέψετε το αρχείο βάσης δεδομένων PDB από το Quicken, δοκιμάστε να το χρησιμοποιήσετε για να το κάνετε. Αυτός ο τύπος μετατροπής, ωστόσο, δεν έχει μόνο μικρή χρησιμότητα αλλά δεν υποστηρίζεται σε αυτές τις εφαρμογές βάσεων δεδομένων (δηλ. Πιθανώς δεν χρειάζεται να μετατρέψετε αυτό το είδος αρχείου PDB σε οποιαδήποτε άλλη μορφή).
Τα αρχεία τράπεζας δεδομένων πρωτεϊνών μπορούν να μετατραπούν σε άλλες μορφές με το MeshLab. Για να γίνει αυτό, ίσως χρειαστεί να μετατρέψετε πρώτα το αρχείο PDB σε WRL με PyMOL από το μενού Αρχείο> Αποθήκευση εικόνας ως> VRML και στη συνέχεια να εισαγάγετε το αρχείο WRL στο MeshLab και να χρησιμοποιήσετε το μενού File> Export Mesh As για την τελική μετατροπή του PDB αρχείο σε STL ή σε άλλη μορφή αρχείου.
Εάν δεν χρειάζεστε το μοντέλο να είναι έγχρωμο, μπορείτε να εξάγετε το αρχείο PDB απευθείας στο STL με το USCF Chimera (ο σύνδεσμος λήψης είναι παραπάνω). Διαφορετικά, μπορείτε να χρησιμοποιήσετε την ίδια μέθοδο όπως παραπάνω (με το MeshLab) για να μετατρέψετε το PDB σε WRL με USCF Chimera και κατόπιν να εξάγετε το αρχείο WRL σε STL με το MeshLab.
Για να μετατρέψετε το PDB σε PDF ή EPUB , εάν έχετε ένα αρχείο PalmDOC, είναι δυνατή μια σειρά από τρόπους, αλλά το πιο εύκολο είναι πιθανώς να χρησιμοποιήσετε έναν online μετατροπέα PDB όπως Zamzar . Μπορείτε να μεταφορτώσετε το αρχείο PDB στον συγκεκριμένο ιστότοπο για να έχετε τη δυνατότητα να το μετατρέψετε σε αυτές τις μορφές καθώς και στα αρχεία AZW3, FB2, MOBI , PML, PRC, TXT και άλλες μορφές αρχείων eBook.
Για να μετατρέψετε το αρχείο PDB στη μορφή FASTA μπορείτε να το κάνετε με τον online PDB του Meiler Lab σε μετατροπέα FASTA.
Είναι επίσης δυνατή η μετατροπή του PDB σε CIF (Crystallographic Information format) online χρησιμοποιώντας PDBx / mmCIF.
Προηγμένη ανάγνωση στα αρχεία PDB
Μπορείτε να διαβάσετε πολλά περισσότερα σχετικά με τα αρχεία βάσης δεδομένων προγράμματος από τις Microsoft, GitHub και Wintellect.
Υπάρχουν περισσότερα για να μάθετε για τα αρχεία της Protein Data Bank επίσης. βλ. Worldwide Protein Data Bank και RCSB PDB.
Το αρχείο σας δεν ανοίγει ακόμα;
Αρχεία PDB που δεν ανοίγουν με κανένα από τα εργαλεία από τα παραπάνω, πιθανότατα δεν είναι πραγματικά αρχεία PDB. Αυτό που μπορεί να συμβεί είναι ότι εσείς κάνετε λάθος ανάγνωση της επέκτασης αρχείου. ορισμένες μορφές αρχείων χρησιμοποιούν ένα επίθημα που μοιάζει πολύ με το ".PDB" όταν είναι πραγματικά άσχετες και δεν δουλεύουν το ίδιο.
Για παράδειγμα, ένα αρχείο PDF είναι ένα αρχείο εγγράφου, αλλά τα περισσότερα από τα παραπάνω προγράμματα δεν θα εμφανίζουν σωστά το κείμενο ή / και τις εικόνες αν προσπαθήσετε να ανοίξετε ένα με αυτά τα προγράμματα λογισμικού. Το ίδιο ισχύει και για άλλα αρχεία με παρόμοιες επεκτάσεις αρχείων, όπως τα αρχεία PD, PDE, PDC και PDO.
Το PBD είναι ένα άλλο που ανήκει στο πρόγραμμα Backup Todo του EaseUS και επομένως είναι χρήσιμο μόνο όταν ανοίγει με το συγκεκριμένο λογισμικό.
Εάν δεν έχετε ένα αρχείο PDB, τότε ερευνήστε την επέκταση αρχείου που έχει το αρχείο σας ώστε να βρείτε το κατάλληλο πρόγραμμα που ανοίγει ή μετατρέπει αυτό.